เช้าวันเสาร์ที่ 3 กุมภาพันธ์ ค.ศ. 1945 ขณะที่ไฟรส์เลอร์นั่งพิจารณาคดีอยู่ที่ศาลประชาชน กองทัพอากาศสหรัฐที่มีผู้นำ คือ กองกำลังบี-17 ของนาวาโท รอเบิร์ต รอเซนทัล (Robert Rosenthal) ทิ้งระเบิดโจมตีเบอร์ลิน[8] อาคารของราชการและพรรคนาซีถูกถล่ม ซึ่งรวมถึงสำนักนายกรัฐมนตรี สำนักงานหัวหน้าพรรคนาซี กองบัญชาการเกสตาโป และศาลประชาชน เมื่อได้ยินสัญญาณเตือนภัย ไฟรส์เลอร์สั่งเลื่อนพิจารณาคดีอย่างรีบด่วน และให้นำนักโทษที่กำลังพิจารณาอยู่นั้นไปยังที่หลบภัย แต่ตนเองยังอยู่ในศาลเพื่อเก็บแฟ้มสำนวนก่อน ในบรรดาแฟ้มเหล่านี้มีแฟ้มคดีของ Fabian von Schlabrendorff สมาชิกผู้ร่วมวางแผน 20 กรกฎาฯ ซึ่งถูกพิจารณาและพิพากษาประหารในวันนั้น อยู่ด้วย[9]

จนเวลา 11:08 นาฬิกา ระเบิดลูกหนึ่งทิ้งตรงลงมายังศาล[10] ทำให้ภายในอาคารพังลงบางส่วน ไฟรส์เลอร์ซึ่งยังอยู่ในห้องพิจารณานั้นถูกเสาปูนถล่มลงมาทับขาดใจตายคาที่[11] ศพของเขาถูกพบใต้ซากปรักหักพัง โดยยังกอดแฟ้มคดีแฟ้มหนึ่งที่เขาก้มลงหยิบเอาไว้แน่น[6]

แต่บ้างก็เล่าว่า ไฟรส์เลอร์ "โดนระเบิดลูกหลงตายขณะพยายามหนีออกจากศาลยุติธรรมไปยังที่หลบภัยทางอากาศ" และ "เลือดออกจนตายอยู่บนทางเดินนอกศาลประชาชน เลขที่ 15 ถนนเบ็ลวือในเบอร์ลิน" ส่วน Fabian von Schlabrendorff นั้น "ยืนอยู่ข้างไฟรส์เลอร์ตอนที่ไฟรส์เลอร์พบจุดจบ"[6] ไฟรส์เลอร์จึงเหมือนบัง Schlabrendorff ไว้จากวิถีระเบิด และภายหลังสงครามแล้ว Schlabrendorff ก็ได้เป็นตุลาการศาลรัฐธรรมนูญ[12]

อนึ่ง มีอีกเรื่องเล่าว่า ไฟรส์เลอร์ตายเพราะระเบิดจากฝ่ายบริติชที่ร่วงลงสู่เพดานห้องพิจารณาขณะที่เขาพิจารณาคดีหญิงสองคนอยู่ และหญิงทั้งสองนั้นรอดชีวิตจากระเบิด[13]

ผู้สื่อข่าวต่างชาติรายงานว่า "เห็นชัดว่า ไม่มีใครเสียใจที่เขาตาย"[11] กว่า 25 ปีให้หลัง ลูอีเซอ โยเดิล ภริยาของพลเอก อัลเฟรท โยเดิล ให้สัมภาษณ์ว่า เธอทำงานอยู่ที่โรงพยาบาลลึทโซตอนที่ศพของไฟรส์เลอร์ส่งมาถึง และมีคนงานคนหนึ่งออกความเห็นว่า "พระเจ้าพิพากษาแล้ว" นางโยเดิลยังเล่าว่า "ไม่มีใครพูดอะไรต่อ (ความเห็นนั้น) เลย"[14]

ศพของไฟรส์เลอร์ฝังไว้ในหลุมศพของตระกูลฝ่ายภริยา ณ สุสานวัลท์ฟรีทโฮฟดาเล็มในเบอร์ลิน แต่ป้ายหน้าหลุมศพไม่จารึกชื่อเขาไว้[15] สุสานนั้นยังไว้ศพของอุลริช วิลเฮ็ล์ม กราฟ ชเวรีน ฟ็อน ชวาเนินเฟ็ลท์ หนึ่งในผู้ร่วมวางแผน 20 กรกฎาคม ซึ่งถูกประหารชีวิตตามคำสั่งศาลประชาชนไม่กี่เดือนหลังเกิดการพยายามลอบสังหารอดอล์ฟ ฮิตเลอร์